Sous le Premier Empire, un vieux projet de destruction de l'église, initié par Colbert afin de dégager la colonnade du Louvre par une vaste place au mileu de laquelle le pont-Neuf aboutirait, est envisagé puis abandonné dès la Restauration.

Le 14 février 1831, à l'occasion de la onzième commémoration de l'assassinat du duc de Berry, l'église, puis l'archevêché de Paris, sont dévastés par des émeutiers anti-monarchistes qui interprètent la cérémonie comme une provocation. Suite aux importantes dégradations, l'église restera fermée quelques années. Sa destruction est encore proposée, mais finalement des restaurations sont entreprises pendant la monarchie de Juillet dirigées par Jean-Baptiste-Antoine Lassus et Eugène Viollet-le-Duc. L'église est rendue au culte catholique vers 1840.