L'église est ravagée au XVIIIe siècle : de 1745 à 1750, sous prétexte de restauration, le jubé], dessiné par Pierre Lescot et sculpté par Jean Goujon au XVIe siècle, disparaît, de même que les vitraux et le tympan du portail. Au début de la Révolution, après le retour forcé de la famille royale de Versailles aux Tuileries, le futur Louis XVII y fit sa première communion. Sous la Terreur, Saint-Germain est vidée de son contenu, et convertie en magasin de fourrage, en imprimerie, en poste de police, en fabrique de salpêtre. En 1795, le culte théophilanthropique (Sectephilosophiqueetreligieuse déiste fondée sous le Directoire.) y est pratiqué. |